将布置在台海前线的野战军主力调往三北地区，例如，27军奉命由江苏无锡调至河北张家口附近的宣化、延庆，以增援驻军65军，因为张家口是蒙古至北京之间的唯一的天然屏障，张家口以南就无险可守了。空军又在张家口部署了配备红旗二号地对空导弹的几个防空导弹营，以加强当地空防。将28军由福建调往山西，坦克第9师、高炮第67师分别由江苏、山东调往山西，24军由河北唐山移防承德、63军从河北调至山西、69军从山西太原往北移防大同；
由中共解放军的空军、海军及总参、总后等直接接管国防工业口的第二至第七机械工业部以及中央气象局、国家测绘总局等要害部门；
在全国各地挖建防空洞，搞备战、备荒，全国进入战备状态（军管状态）之中；
将中共领导人从北京分散到全国各地，以防被“一网打尽”。北京的中央机关分散到各地的“五七”干校，北京的高校也被分散到全国各地。同时将成分不好的家庭赶出北京，赶回老家。有资料显示，当时北京总共疏散了约90万人口，北京总人口减少到约650万。
图4：1969年4月林彪在中共九届一中全会上被指定为毛主席的接班人，图片来源：网络截屏
四、林彪：密云、官厅和怀柔水库将是苏军轰炸的第一目标
苏联有意将对中国进行核打击的计划透露给美国，希望得到美国的支持。而美国不赞同苏联的做法，又不便公开表示反对，于是决定将苏联计划透露出来。1969年8月27日外电报导，中情局局长赫尔姆斯向记者透露，“苏联可能就它对中国的核设施发动先发制人的打击问题，向其东欧共产党同伙进行试探”。事后被认为是美方有意向中方透露苏联的军事意图。9月16日，一位有克格勃背景的苏联记者路易斯在《伦敦晚间新闻》上发出了苏联可能对中国核设施发动核突袭的试探性的警告。在公众媒体上公布苏军发动核打击的消息，对中方有利，提前获得信息，可以提前做出准备。其次苏军要对中国发动核打击的消息必然引起国际舆论的关注和反对。
这些来自国外的信息使得毛泽东、林彪、周总理等人更加相信，苏军正在准备对北京和中国重要军事目标发动打击。
1969年9月20日，中共军委召开由各个军区、军兵种司令和政委参加的全军战备工作会议（又称“三北”作战会议），再次讨论对付苏军突然袭击的措施。22日，周总理对高级将领们说，“准备打仗，这是一个新的战略部署”。随后数日中，会议厅中最常听到的言辞是“苏联袭击即将来临”。作为回答，1969年9月23日零时15分中国进行第一次地下核试验，9月29日又爆炸了一枚当量达300万吨级的氢弹，试图能够阻止或者推迟苏军的进攻（一说中国进行了两次地下核试验和一次氢弹爆炸试验）。当时中方普遍认为苏军最可能的进攻时间是1969年10月1日，这是中华人民共和国成立二十周年的纪念日。
由于后来林彪从毛泽东的接班人变为中共的叛徒，关于林彪在1969年的决策有完全不同的叙述。为了让读者有个全部的了解，现将有代表性的三种叙述摘要在下。无论采用哪一种叙述，都不能更改一个事实：作为中国杰出的军事将领林彪认为北京的密云和官厅等三个水库将是苏军轰炸的第一目标。
根据林彪的秘书李根清撰写的《珍宝岛事件后防止苏联入侵林彪是如何指挥部署防御的极其专业！》一文：
大战之前看地图、看地形，将未来战场情况熟记于心，是林彪指挥打仗的一贯做法，他曾把这一条当作打胜仗的诀窍向他人传授。在这次备战部署中，林彪也认真研读了“三北”地图，在空中看地形的几个地方也是他亲自选定的。
十一前，也就是在“三北”作战会议期间，林彪接连几天看“三北”地图。这幅长宽都有4米多，质地柔软，印刷清晰，装裱精美，带轴的百万分之一军用地图，是总参作战部专门为林彪绘制的，卷起来有碗口粗，扛起来有20多斤重，平时就放在保密室文件柜上。那天，一听内勤说林彪要看“三北”地图，我赶忙把地图取下来送到林彪那里。因为图幅太长，办公楼通往客厅的走廊无法通过，我是从东院绕道西院从大门扛进客厅的。地图挂不到墙上，只能铺在客厅的地毯上。
林彪站在地图前端详了一会儿，先让我报告比例尺，然后就开始点地名。他每说出一个地方，我就在地图上指出它的位置，并按照林彪的要求，用米尺在图上量一下这个地方到北京城的大致直线距离，然后报告给他。
“居庸关。”这是林彪点的第一个地名。我立即用打台球的球杆，指出居庸关在地图上的位置并向他报告：“居庸关。”然后把量出的居庸关到北京城的大概直线距离报告给他。
“南口。”林彪点了第二个地名，我又马上指出南口的位置并报告南口距北京城的距离。
“官厅水库。”“密云水库。”林彪接着点，我就接着报。
这几个地方及它们与北京的距离，林彪并不陌生，20年前他指挥平津战役时就是知道的，但我还是按照他的要求一一报告给他。南口、居庸关是京城的北大门，战时必守之地。官厅水库、密云水库则是北京市的水源，与市民的日常生活息息相关，战时一旦遭敌机轰炸造成溃坝也会对人民生命财产构成危害。为此，林彪曾建议排水，后请示周总理，周派人调查后认为，水库只有“半盆水”，“对北京影响不大”，遂放弃排水。（摘录完）
图4：1953年官厅水库大坝工程施工时的照片，图片来源：如图所示
图5：密云水库白河大坝，1959年1月工程施工时的照片，图片来源：李晞摄
根据刘易斯和薛理泰撰写的《1969年中国安危系于千钧一发——苏联核袭击计划胎死腹中》一文：
9月30日，林彪把军委办事组几位负责人召来开会。他说：“这个仗看来八成打不起来，但要作八成可能打起来的准备。”他指着地图说：“敌人从外蒙下来，直下兰州、西安，全国震动。”同日，林彪还命令空军立即将绝大部分军机从北京附近机场疏散到外地机场。他还认为北京市郊的三大水库犹如三大盆水，高悬在北京上空，一旦苏联击毁了水库的大坝，就会淹没首都。同日晚，他要求北京市尽快把这三个水库的水排泄出去。周总理认为仅在一天内就把水库的水排泄出去，造成的灾难性后果同苏联击毁水库大坝的后果相同，何必多此一举呢？所以他出面中止了林彪指示的执行。稍后，在10月18日晚，即林彪向总参发布紧急指示的当晚，林又嘱咐秘书指示副总长阎仲川采取措施把密云水库的水排泄出去，周总理再次出面制止。”（摘录完）
根据功标青史撰写的《69年林彪计划炸掉密云水库，周总理：先等一等，我派人调查一下》一文：
虽然和谈的事情定下来了，但同时我们要做好两手准备。在苏联的恐吓威胁下，林彪向主席提出警示：“苏联极有可能很快就会进攻中国，我们必须马上展开备战工作。”
在得到主席支持后，这位几十年没上过战场的将军，神经已经极度敏感。日夜不停的在办公室研究地图，制定详细的作战方案，已经62岁老态尽显的林彪仿佛又精神了。
国庆节的前几天，林彪对和副总参谋长阎仲川说道：“马上就要国庆节了，国庆节当天的安全防卫工作一定要做好，我有预感，苏联可能会在当天搞破坏。”
林彪看着一脸吃惊的阎仲川，笑着说道：“苏联最近的军事基地距离北京也就几百公里，90分钟内，飞机便可飞到北京上空，如果让他们得逞，那后果不堪设想。”
他马上下令在国庆节前一天，北京机场全部关闭，所有机场工作人员也全部撤离，派部队官兵值班留守，所有士兵荷枪实弹。另外在跑道设置障碍保证任何飞机都不能降落。
一切部署完毕后，9月30日，林彪又亲自考察了密云水库，他认为这个供养京津两地的“大水盆”也很有可能成为苏联的轰炸目标，密云水库面积180平方公里，库容40亿立方米，俯瞰整个北京城，而且距离北京市区仅13公里，一旦被炸，挣个北京就会被瞬间吞噬。
