在如此强大的政治压力下，自然再不会有人站出来为潘光旦讲话了。民盟北京市支部随即正式通知清华区分部：“接受清华盟员的要求，撤除潘光旦同志清华民盟区委及主委的职务。”
无法解脱的解脱
在1952年3月29日大会之后，潘光旦的问题被挂起来了。随着高校“三反”运动及思想改造运动逐渐进入尾声，民盟撤销潘光旦职务的决定也在校《三反快报》发表出来，潘虽然感到更大的思想压力，但渐渐认为这也算是一种解脱了。特别是4月以后校节约检查委员会更进一步把他的三次大会检讨和与会者的揭发批判意见印成小册子加以散发，他更是抱着一种破罐破摔的心理，心想：“我的学习，我的觉悟，我的政治水平，反正只到这样一个程度，一下子也是急不来的。大家又把我怎样？”无论怎样，反正处分也处分了，检讨一时也做不好，“能告一段结束，就告一段结束”吧。因此，学校不催，他也不急，读书看报，日子照过。有时有人问起了，他就推托说：领导上已经有了结论了，我的检讨不知耗费了同志们多少时间，还是不要再劳师动众了。当然，正如费孝通后来所说，潘光旦这时其实和大多数教授们一样，已经彻底相信“思想非变不行”了，相信“原罪”在身，非承担不可了。为了和自己的过去一刀两断，他这时把自己珍藏的《政学罪言》等各种可能有“问题”的出版物，一把火烧掉了，每天读的东西，也大都是报纸和《干部必读》之类的学习材料。
潘光旦的所谓“历史问题”，查来查去，最后也没有发现任何真正对中共有危害的情况。众多国民党藉教授这时都已经过关解脱了，继续拖着民盟的潘光旦的问题不解决，清华校方也渐感被动。毕竟，这次的思想改造运动，除极个别情况以外，一般并不含有要清理高校教师队伍的任务，因此，在查清潘与张东荪的问题无关，历史上的政论文章也并无其他特殊政治背景之后，潘光旦进一步检讨过关，已是必然。
由于“三反”复查、院系调整、暑期放假等种种原因，潘光旦的过关问题被拖了下来。金岳霖、吴景超、费孝通等教授都替潘光旦着急，一再提出：清华社会系已解散，潘已决定调去民族学院，无论如何不应让他背个包袱到新工作岗位上去。秋季开学后，学校有关部门又重新启动了帮助潘过关的程序。
为了让潘能够写出通得过的检讨稿，学校首先组织他去北大参加那里最后一个重点人物周炳琳的全校检讨大会，让他看到周痛哭流涕、子女表态、师生肯定，最后顺利过关的场面。然后再通过社会系讲师刘世海从侧面向潘提出应学周炳琳再做检讨，争取一次过关的提议。在了解到潘有所心动之后，学校一面专门借调了已经是中共党员的潘的女儿回家做潘的思想工作，一面组织了包括社会系年青教师和民盟积极分子在内的专门工作组，分头找潘个别谈或小会谈，一个问题一个问题地和潘讨论，直到说服潘为止。终于，潘光旦下决心再写检讨了。他这次花了很长时间，一页一页地检查他过去的各种文章，包括把他珍藏的全套《华年》杂志拿出来仔细翻阅。然后一边写，一边分节送给金岳霖、吴景超、雷海宗、周一良等教授们看，尽管他对不少意见未必能完全接受，但基于此前的教训，也不能不按照大家的意见一点一点地修改。最后，潘终于写出了一篇3万多字，多数教授都表示基本肯定的检讨书。学校随即组织了工作小组会议，根据潘的检讨书再当面给潘提意见，与会者也基本上予以了肯定。只是在个别地方提出了修改意见。如钱伟长说：“他对过去惋惜口吻多，新生力量不够，决心看不出。”冯友兰等说他的检讨平铺直叙，对国民党的关系说得不清楚，缺乏具体分析。
1952年10月27日，清华大学召开了以文法学院师生为主的数百人的大会，听取潘光旦的检讨。他一上来首先承认，自己过去检讨不好，主要还是因为“怕摸到我自己的疮疤，还是想遮掩过去”。比如自己过去研究优生学，“是根据了美帝诬蔑我们民族的许多资料来搞”的，建国后还想做辅仁大学的董事，这些都是丧失民族立场的问题，自己却都没有谈到。另外，自己思想上还有些包袱，如有旧学问的包袱，总是自以为很有一套，总以为自己是进步的。因此，对错误，自己也承认了一些，但说我是全盘错了，无一是处，就很不服气。结果是自己的检讨，“一面承认了些我的毛病，一面却把我自以为毛病不大的地方或自以为没有毛病的地方表示给同志们看，妄想同志们得一个印象，我这个人虽然不好，还不至于太不好。”
他接着具体讲述了加入国社党、办《华年》杂志、对学生运动的态度，以及与民盟的关系等问题的具体经过情形，着重举例说明了自己过去文章中“对不起党，对不起革命”的种种言论，说自己“是一贯的反对革命的”，包括对学生运动一直是采取“压制破坏”态度的。
对于解放后“思想暗流”的问题，他更坦言：“我把党看作一个专政的党，把党的领导看做党的专政，把统战看作所以掩饰党的专政的一种做法，要团结大家是有的，要大家拥护新的政权，是有的，但大家怕未必能当家作主。因此，对民盟与其他民主党派，起初，大约有一年，我认为可以取消。一九四九年冬天救国会的自动宣布解散更加强了我的这种想法。后来，领导党方面不断的鼓励各民主党派，不但要继续维持，并且要巩固扩大，我知道我的猜测错了。但我还在冷眼旁观，在揣摩领导党的做法，还是把领导党的许多举动作为一种手段来看。”“后来政府成立，中央与地方各级都有各党各派和无党无派的民主人士参加，并且很多做了某些部门的正首长，而党员反有做他们的副手，我又认为
