一位电机系同学潘德恒则当众揭发称：1948年8月19日北京军警大举搜集清华校园时，进步同学向潘提出把同学们办的纪念“一二·一”运动的图书馆中的资料移到大图书馆去，潘以那是些小册子当场拒绝。以后，同学们又要求把其中5000多册马列主义书籍放到大图书馆，潘又借口这些书太破，不好放进去为由婉拒。后来还是经同学们力争，才装订了其中的一千多册放了进去。建国后，同学们要求清除图书馆中的反动书籍，潘说：“你量太小了，假使你潘德恒有本领订出一个标准的话，我就照办。我是文教委员，从未听过要撤除反动书籍的事，你们这样演变下去，要形成焚书坑儒了。”同学们再要求时，他就说：“空气中什么细菌都有，就没见人人都病。可见身体抵抗力强就不会得病，反动书籍也是这样。”
潘光旦此前所发表的政论文，这时也开始引起了一些与会教师的注意。如有教授就提出：潘在1948年9月发表在《观察》杂志上的《从几个世运选手拒绝返国说起》一文，明明是匈牙利几个运动员到英国参加运动会叛逃，“甘心为帝国主义作爪牙”，潘却把他们说成是“皎皎之辈”，说他们是“渴望自由”，“认为英国是最自由民主的国家”，这明显是站在帝国主义者的立场上诬蔑苏联及其人民民主国家，充分说明“他的反动思想是一贯具有战斗性的”。
两次检讨没有通过，无疑带给潘光旦极大的思想压力。他一方面在私下里认为这是有人打击报复，另一方面也不能不开始意识到自己的检讨有些问题：“是不是因为我把进步一面说得太多了，所以别人不满意？”29尤其是第二次检讨正值思想改造运动和“三反”运动热火朝天之际，学生和教师中间的积极分子情绪十分激昂，揭发、检举、批判斗争，大会小会不一而足。潘光旦的问题更是被上纲上线，甚至有被从“历史问题”变成“政治问题”的严重危险。在张奚若、金岳霖几位教授先后登门相劝或当面严加批评之后，他又两三度在系、馆和民盟支部范围内进行检讨，结果是更多的“历史问题”被揭发出来，而再难脱身了。
在北京市委1952年2月底报给华北局和中央的报告中，也已经把对潘光旦的斗争作为一个典型案例来加以说明了。这份充满了胜利喜悦的报告写道：学生群众一起来，一些行政领导和教授就“不得不自动地或被迫地放下臭架子，进行自我检讨。……北大的汤用彤、马大猷、罗常培、钱端升，清华的叶企孙、周培源、潘光旦、钱伟长……都在群众面前检讨了自己的宗派主义、本位主义、自私自利思想，或崇美、亲美思想。检讨好的，群众让他们过关；检讨不深刻的，群众就不让他们过关。潘光旦已检讨了五次，并且哭了一场，仍未过关。……经过这一番斗争，大学里的思想发生了显著的变化。过去一般教授和学生们崇拜为偶像的所谓名校长、名教授如叶企孙、陆志韦、潘光旦等都倒下去了……许多学生很幽默地说：在‘三反’斗争中，我们的旗帜倒了。”
“历史问题”的变本加厉
1952年3月，中共中央就高校思想改造运动的具体策略发出指示称：高等学校的思想改造运动，要特别依靠学生群众，“批判和打击现在学校中仍普遍和严重存在着的各种资产阶级思想”。具体办法应实行“人人过关”，即“每个教师必须在群众面前进行检讨，实行‘洗澡’和‘过关’”。在此基础上，可采取“分层过关”的策略，即“(一)先让大多数政治思想上没有严重问题的人很快过关；(二)再帮助一批思想作风上有较大毛病，但愿意改正错误力求进步的人过关；(三)少数政治上或思想上有严重问题的人，在群众的揭发、检举和严格的检查下，进行多次反复的检讨，然后过关；(四)直到最后每校总有极少数政治上和经济上有极严重问题的人过不了关的，对于这些人行政上可按其情节给以停职调职或撤职等各种处分。”
与此同时，周恩来这时也注意到北京大学和清华大学思想改造运动已经发展到学生群起批判教师，各种历史问题均被上纲上线，教授们过关极为困难的情况，故致函中宣部长陆定一，要他立即召开相关会议，向负责干部说明：思想改造是长期的，不能过急。在北大、清华要马上制止急躁情绪，除少数人外，过去的事情坦白交待了，就可以过关，思想问题不可能一次得到彻底解决。
一方面，中共中央规定了分层分批让多数教师过关，重点批判少数人，只处理极少数人的策略；另一方面，陆定一也根据周恩来的指示，给北大、清华领导层打了招呼，因此，两校随后也陆续安排众多教师分批检讨“过关”。清华大学副教条长费孝通在3月8日的全校大会上公开检讨之后，就被很快宣布已得到了群众的认可，顺利过关了。
费孝通曾经做过潘光旦的学生，以后长期在一起工作，并合作研究，两人久已成莫逆之交。1946年“李闻惨案”后与潘光旦一起躲进美国领事馆，后来又一起转经重庆飞往南京，再一起到浒墅关暂避的，也是费孝通。费孝通1940年代后半期也和潘一起，写过不少政论文章，费孝通都能够通过，本已极度绝望的潘光旦，又不免感到了些许希望。
