2012年3月14日，温家宝在以中共国务院总理身份召开的最后一次年度新闻发布会上说，重庆市领导层必须“反思”王立军丑闻并从中“吸取教训”。在温家宝不同寻常的公开指责次日，重庆市委书记薄熙来被免职。
王立军事件爆发后，揭出“活摘法轮功学员器官”一事。中共高层最毫不犹豫提出将薄熙来送入监狱的是温家宝。温说，前六、七年，其实更早时候，镇压法轮功给中国带来的可怕后果就已经看到了，我们经过调查发现江泽民使用令人震惊的国家财力去镇压一个手无寸铁的民间团体，非常荒谬，一直到现在，这个问题中央都没有去面对、去解决。
消息称，温家宝在中南海内部会议上说：“不施麻药，摘活人器官，还拿去赚钱，这是人干的事情吗?这种事情发生多年了，我们要退休了，还没解决……”，“现在出来王立军这件事，全世界都知道了，借处置薄熙来把法轮功的问题解决了，应该是水到渠成……”
